مرکز تعاملات بین‌المللی علم و فناوری در سال 1396 از تجمیع معاونت امور بین‌الملل و تبادل فناوری معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری و دفتر امور بین‌الملل بنیاد ملی نخبگان تشکیل گردید.
پس از ابلاغ "سند جامع روابط علمی بین‌المللی جمهوری اسلامی ایران" به معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی در سال 1397 برای اجرا، این مرکز مسئولیت اجرایی‌سازی سند مذکور را به عهده گرفت. گسترش همکاری و تعاملات فعال و سازنده با سایر کشورها و نهادهای علمی و فناوری بین‌المللی و متخصصان و اندیشمندان خارج از کشور در راستای دستیابی به پیشتازی اقتصاد دانش‌بنیان ماموریت اصلی این مرکز به شمار می‌رود.
معاونت توسعه روابط علمی و سرمایه انسانی با بهره‌گیری از ظرفیت متخصصان خارجی به ویژه ایرانیان خارج از کشور و گردش نخبگان، معاونت توسعه همکاری‌های فناورانه با استفاده از ظرفیت شرکت‌ها و نهادهای خارجی و بین‌المللی در توسعه و تبادل فناوری و معاونت توسعه کسب و کارهای دانش‌بنیان با استفاده از ظرفیت بازارهای خارجی و بین‌المللی و تسهیل حضور شرکت‌های داخلی دانش‌بنیان و فناور در این بازارها از راهبردهای اصلی مرکز تعاملات بین‌المللی علم و فناوری می‌باشد.